Dengan bijaksana Servetus berhenti bekerja pada Quintana dan mula berjuang sendirian mencari kebenaran. Ia percaya bahawa berita Kristus tidak ditujukan kepada kaum agamawan dan ahli falsafah melainkan kepada orang awam yang dapat memahami dan melaksanakannya. Maka, ia memutuskan untuk menyemak teks Alkitab dalam bahasa asal dan menolak ajaran apa pun yang tidak selaras dengan Alkitab. Menarik, kata "Kebenaran" dan kata turunannya lebih sering muncul daripada kata manapun dalam tulisan-tulisannya.

Pembelajaran Servetus dalam bidang sejarah dan Alkitab telah membantunya sampai kepada kesimpulan bahawa selama tiga abad pertama Tarikh Masehi, Kristian telah diselewengkan. Ia mendapati bahawa Konstantin dan para penggantinya telah memperkenalkan ajaran-ajaran palsu yang mengakibatkan diterimanya Tritunggal sebagai doktrin rasmi. Pada usia 20 tahun, Servetus menerbitkan bukunya On the Errors of the Trinity, karya tulis yang menyebabkan dia menjadi sasaran utama Inkuisisi.

Servetus memahami permasalahannya dengan jelas. "Dalam Alkitab," tulisnya, "Tritunggal tidak pernah disebutkan. Kita dapat mengenal Allah, bukan melalui konsep falsafah yang kita banggakan, tetapi melalui Kristus. "Dia juga sampai pada kesimpulan bahawa roh suci, bukan suatu pribadi melainkan tenaga aktif Allah.

Servetus berjaya membangkitkan beberapa reaksi yang positif. Tokoh Reformasi Protestan, Sebastian Franc, menulis, "Servetus, orang Sepanyol itu, dalam risalahnya memberikan argumentasi bahawa hanya ada satu peribadi dalam diri Allah. Tetapi, Gereja Katolik Rom berpegang pada ajaran bahawa ada tiga peribadi dalam satu oknum. Saya lebih sependapat dengan orang Sepanyol itu. "Namun demikian, baik Gereja Katolik Roma maupun gereja-gereja Protestan tidak pernah mengampuni Servetus kerana menentang doktrin utama mereka.

Pembelajaran Alkitab juga membuat Servetus menolak doktrin-doktrin lain dari gereja, dan ia menganggap penggunaan patung-patung tidak berdasarkan Alkitab. Maka, satu setengah tahun selepas ia menerbitkan On the Errors of the Trinity, Servetus dengan respek mengatakan kepada orang Katolik dan Protestan, "Saya tidak bersetuju ataupun menolak semua yang dikatakan oleh setiap pihak. Nampaknya, bagi saya kepercayaan mereka semua sebahagian benar dan sebahagian salah, namun setiap orang melihat kesalahan orang lain dan tidak menyedari kesalahannya sendiri. "Ya, dia berjuang sendirian mencari kebenaran.

Meski tulus, Servetus juga membuat kesimpulan yang keliru. Misalnya, ia mengambil kira bahawa Armagedon dan [[Pemerintahan Milenium Kristus]] akan terjadi semasa hidupnya.